MYST島を探検して行くと、このゲームの目標が本の中の世界に閉じ込められているらしいMYSTの創造者アトラスと、彼の息子であるアクナーとシーラスのうちいずれかを自由にし、MYSTの謎を解明することであるということが解ってくるはずです。 プレイヤーであるあなたは、誰の言う事が真実なのか？誰が偽りを言っているのか？そして誰を本当に助け出せばいいのかを、最終的に判断しなくてはなりません。しかし、その前までに次の２つの事を必ず実行しておかなければならないのです。
赤いページと青いページを探してくる
まず最初に、ライブラリーで赤い本と青い本を確認して下さい。赤い本と青い本は本棚ではなく、それぞれ書見台に置いてあり、となりにはページが一枚あるはずです。そのページをクリックすると、ポインターが「ページを持った手」に変わりますから、そのまま本をクリックして開いて下さい。シーラスもしくはアクナーの声が少しだけ聞けます。
ゲームを進めるためにはさらにページを集めなくてはいけません。４つの時代それぞれに赤いページと青いページが１枚ずつ隠されています。あなたは各時代からそれらをミスト島のライブラリーに持ち帰り、同じ色の本に戻さなければなりません。するとその都度、アクナーやシーラスの新たなメッセージを得る度に少しずつ解明されてゆくはずです。
各時代にある赤いページと青いページは両方同時に持ち帰る事は出来ません。赤いページを持っているときに青いページを取ると、赤いページは自動的に元にあった場所に戻ってしまいます。つまり両方のページを持ちかえるためには、片方を持ち帰った後に再びその時代に戻って、改めて残りのページを持ちかえらなくてはなりません。
ただし、それぞれの時代から、必ず両方のページを持ちかえる必要はありません。赤いページ４枚すべてか青いページ４枚すべてのどちらか４枚を持ち帰れば、最後の手がかりを得る事が出来ます。（赤1枚と青３枚の計４枚というかたちでは、最後の手掛かりを得る事は出来ませんのでご注意ください）
２つの破れてしまったミストの日誌を見つけ出す
２つに破れてしまったミストの日誌を探し出して、２つを合わせます。そこにはMYSTの謎を解くための重要な手掛かりとなる白いページを得るためのヒントが書かれています。合わせた日誌に書かれている事を実行すると、白いページが隠されている、MYST島の港にあるマーカースイッチの秘密の保管庫を開ける事が出来ます。